El Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH) fue creado el 3 de febrero de 1939 mediante la Ley Federal de Monumentos Arqueológicos, Artísticos e Históricos, estableciendo las bases para la protección y conservación del patrimonio cultural de México. Para 1972, por iniciativa del entonces director Guillermo Bonfil Batalla, se crearon los Centros Regionales. Dichos centros, constituyen las representaciones estatales del INAH en todo el país, teniendo como quehacer llevar a cabo las pautas y los lineamientos generales que norman al Instituto en materia de investigación, conservación, protección y divulgación del patrimonio arqueológico, paleontológico e histórico. Cada centro INAH cuenta con una planta de investigadores en las distintas áreas de la antropología y tiene bajo su coordinación, la operación de las zonas arqueológicas, museos regionales, locales y de sitio, y bibliotecas. Asimismo, cada centro estatal trabaja en coordinación con los tres órdenes de gobierno, la sociedad civil y cuenta con el apoyo de organismos coadyuvantes, instituciones educativas y culturales.

En la Península de Yucatán, en 1973, fue inaugurado el Centro Regional del Sureste abarcando tres entidades: Quintana Roo, Campeche y Yucatán teniendo como su primer director al arqueólogo Norberto González Crespo, quién dotó de una estructura básica al centro desarrollando diversos proyectos. Uno de los más relevantes fue la conformación del Atlas Arqueológico de Yucatán. A través de este Centro Regional se administraron y conservaron las zonas arqueológicas, los monumentos históricos y coloniales, y los museos de su jurisdicción. Posteriormente, a fines de 1985, el Centro Regional del Sureste se dividió en tres centros estatales: Campeche, Quintana Roo y Yucatán. Es así que, en 1986, el Centro INAH Yucatán comenzó las labores que conocemos hasta el día de hoy.

El Centro INAH Yucatán, por su patrimonio arqueológico, histórico y etnográfico es uno de los más relevantes de nuestro país. Cuenta con personal de investigación y técnico en todas las áreas de la antropología y la historia, así como con la sección de conservación y restauración y de monumentos históricos.

Su sede actual, fue diseñada con el propósito de integrar las áreas técnicas y de investigación, laboratorios, talleres, ceramoteca, malacoteca, fototeca y biblioteca. Asimismo, para la difusión del patrimonio cuenta con el Museo Regional de Antropología de Yucatán Palacio Cantón, la Pinacoteca Juan Gamboa Guzmán.